(一)第一點：為明確遴選領域範疇，以利提名人辨別依循，爰調整獎項領域劃分之分組名稱，將「社會科學」修正為「人文及社會科學」、「應用科學」修正為「工程科學」，並依法制體例酌作文字修正。

(二)第二點：修正第一款，將當然委員以外之委員組成，修正為大學校長及卓越科學研究人員各五人為原則，俾利實務運作，並依法制體例酌作文字修正。

(三)第三點：依法制體例酌作文字修正。

(四)第四點：
    1.修正第一款，說明如下：
         (1)定明本款係規範遴選小組組成方式，並依法制體例酌作文字修正。
         (2)修正第一目遴選小組組別名稱，理由同修正第一點說明。
         (3) 第二目依法制體例酌作文字修正。
   2.修正第二款，說明如下：
       (1)考量本獎項辦理遴選作業均有徵求公告，公告中均敘明提名資料寄送注意事項及提名書表，為符實務需求及法制體例，爰第一目及第二目均予刪除，並修正序文，刪除有關注意事項等附件一之說明。
       (2)第三目至第六目目次遞移，並依法制體例酌作文字修正。
        (3) 第七目移列修正第五點第一款合併規定，爰予刪除。
(五)第五點：
1.現行規定第四點第二款第七目修正移列至第一款併予規範，並酌作文字修正。
2.為鼓舞卓越科研人才，並考量物價上漲及獎金已逾二十年未調整，又本獎項象徵國內學術研究之最高榮譽，為維持獎項崇高性，表彰獲獎人於學術領域的重大貢獻，原獎項獎金新臺幣二百萬元調整為新臺幣三百萬元。